No puedes poner más de un campo en la Subconsulta para mostrar un campo, efectivamente te da error, porque es erroneo lo que has puesto, y el motor de SQL protesta y con razón.
Prueba con esto:
Código SQL
[-]SELECT
PEDI.ID
,PEDI.RFC_PERTENECE_EMPRESA
,PEDI.CODIGO AS CODIGOPEDI
,PEDI.UCODADUANA
,PEDI.PEDIMENTONUM
,PEDI.PEDIMENTOFECHA
,PEDI.STATUS
,ADU.ADUNA
,ADU.CODIGO AS CODIGOADU
,ADU.STATUS
FROM Pedimentos AS PEDI
INNER JOIN Aduanas AS ADU
ON ADU.CODIGO = PEDI.CODIGO
WHERE PEDI.RFC_PERTENECE_EMPRESA = 'NWM9709244W4'
AND PEDI.CODIGO = 'NWMPEDIMENTOS0003'