Para controlar checkbox en bucles yo suelo usar algo parecido a esto...
Código PHP:
<!--formulario.php -->
<form name="form" method="post" action="loquesea.php">
<?
while ($row = mysql_fetch_array($result)) {
?>
<input name="checkbox[]" type="checkbox" value="<? echo $row["CODIGO"]; ?>">
aquí todo el HTML que quieras....
<?
}
?>
</form>
Código PHP:
<?
// loquesea.php
for ($i = 0; $i <= count( $checkbox ); $i++) {
echo "El cliente código ".$checkbox[$i]." ha sido seleccionado<br>";
}
?>
Ten en cuenta que checkbox no chequeados no son enviados por POST, por lo tanto si tienes 100 checkbox y sólo tres de ellos chequeados, únicamente esos serán enviados.
hacer uso de isset() está bien en ocasiones para controlar si recibimos o no un check, pero en bucles que generan los check no es muy buena técnica ya que a priori no sabes cuantos tienes que generar y controlar un chorro tan largo tendrías que hacer piruetas para asignarle valores y para controlar cuales llegan, por el contrario el uso de arrays en HTML en estos casos es más eficiente.
Saludos
Emilio