Para quien le interese le dejo como lo he solucionado.
He averiguado la clase de la aplicación mediante la utilidad WinID que entre otra información te da la clase y el handle de la ventana sobre la que pones el cursor.
Entonces, en el evento OnCreate he ejecutado la aplicación mediante la función ejecutar encontrado en los trucos.
A continuación en el evento OnShow he buscado con FindWindow la clase obtenida anteriormente con el WinID. Con esto obtengo el handle de la ventana y a continuación pues he usado el SetParent y el SetWindowsPos sin ningún problema.
Código Delphi
[-]
procedure TPForm.FormCreate(Sender: TObject);
begin
Ejecutar(NombreAplicacion,nil,5000);
Sleep(2000);
end;
procedure TPForm.FormShow(Sender: TObject);
var
PHandle : THandle;
begin
...
PHandle := FindWindow(ClaseVentanaObtenidaConWinID,nil);
Windows.SetParent(PHandle, PanelContenedor.Handle);
SetWindowPos(PHandle,HWND_TOP,Left,Top,Width,Height,SWP_SHOWWINDOW);
...
end;
Quizás haya alguna otra forma de hacerlo, pero a mí al menos así me funciona.
Saludos!