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Zeos sirve para conectar a distintas bases de datos, es una especie de "intermediario".
MDO sólo es para firebird, acceso directo sin "intermediarios", bastante más rápido.
Cada uno tiene sus ventajas e inconvenientes, por ejemplo, con Zeos puedes dejar el sistema listo para acceder a MySQL, PostgreSQL, Interbase, Firebird, MS SQL, Sybase, Oracle y SQLite... con pocos cambios. Eso implica "una capa" más, por lo tanto es algo más lento.
Ya depende del uso que vayas a darle.
En mi caso, como sólo uso firebird, prefiero los MDO, FIBplus, etc.
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