Hola,
Según yo, el problema es que los tres elementos dentro de contenedor: encabezado, cuerpo y pie, tienen el atributo float=left. Según leí alguna vez que me sucedió algo similar, son de esas (múltiples) ocasiones en que parece que IE hace bien lo que el resto de navegadores hace mal. Pero en realidad, es IE el que está mal. Los elementos flotantes no ocupan espacio dentro de su contenedor, y como éste no tiene definida una altura, entonces en realidad no se "expande" y tiene altura cero; dicho de otra forma, no se ve.
Esto se puede solucionar poniendo un elemento al final del div que haga clear: left, pero en el caso particular de este diseño, en realidad basta omitir los float de los divs interiores pues no se requieren.
// Saludos
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