El tema es bastante complejo, y en lo personal, no me gustó mucho el soporte que le da Mysql al aislamiento y atomicidad transaccional.
Establecer el nivel de bloqueo en el motor es tan sencillo como modificar una variable de ambiente. Pero entender realmente como lo hará el motor y como esto afectará a tu sistema, requiere una lectura profunda.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...ansaction.html