Nunca lo he usado, pero, ¿InstallShield no reemplazaría los archivos antiguos por los nuevos (y los demás los dejaría tal cual)?
En todo caso, si usas bases de datos y en la actualización cambias de tipo de base de datos (por ejemplo, de paradox a interbase [es un ejemplo, no me juzgueis
]), pues ahí tendrías que hacer un programita que te pasara los datos antiguos a la nueva base de datos. Y lo mismo con todos los archivos en que guardes datos y les hallas cambiado la estructura.
Saludos.