Ohhhh
la idea esta super... en realidad yo hice tal programa hace unos años y me funcionaba bien. El único problema que tuve era que guardaba las aplicaciones corridas en un archivo creado en la cuenta de Administrador... entonces cuando lo abría tenia problemas por los permisos que tenía el archivo. Lo mismo sucedería en tu caso si MiAplicacion.exe está sin permisos de ejecución (por ejemplo).
Explicame un poco mas pues con los datos que diste no me queda clara la causa...
Saludos!
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