Efectivamente, es algo que debe estar planificado desde el principio. Aun así, aquí van algunos consejos de álguien que usa Linux para programar y luego lo pasa a Windows:
- Conocer bien el lenguaje: No es una tontería. Hay que saber qué cosas son norma (standard) y cuales son extensiones del compilador. Si se usan extensiones puede haber problemas incluso si los compiladores son del mismo fabricante (por ejemplo, no funcionan igual las DLL de Windows y las .so de *NIX).
- Usar las librerías adecuadas: No sólo usar CLX sino librerías que estén disponibles en más de una plataforma o que incluyan el código fuente, de forma que se puedan modificar en caso necesario.
- Usar aplicaciones adicionales multiplataforma: Por ejemplo, si el programa accede a MS-Access pues mal vamos porque sólo funciona en sistemas Windows (creo que hubo una versión para Mac, pero no estoy seguro de ello). Mejor usar Oracle o MySQL, que también están disponibles en otros sistemas. Lo mismo para servidores web y cualquier otro programa.
- Aprender a usar más de un compilador: Esto viene bien por si en algún momento el fabricante nos deja "colgados". En el caso de Delphi/Kylix tenemos como alternativas GNU-Pascal, Free Pascal y Lazarus.
Por ahora no se me ocurre nada más, pero creo que son consejos bastante útiles.