Hola,
Sólo se me ocurre decir lo que el compañero. Me parece que no deberías tener problemas en el sentido que dices. En alguna que otra prueba que he llevado a cabo (si bien yo tampoco me termino de aclarar con unas URLs y otras, me es más sencillo trabajar con URLs "de toda la vida") no creo recordar, digo, haber tenido ningún problema a ese respecto.
Pienso que Apache se limita a servir una determinada página,... bueno, y, entre otras cosas, a hacer que se encarga la aplicación oportuna de procesarlas primero. Cuando se produce un error 404 (no se puede encontrar un recurso), si tú haces que Apache envíe una página determinada, y esa página contiene código PHP, y PHP la procesa... ¿dónde está puede estar el problema?
De momento no se me ocurre otra cosa, a ver qué dice algún otro compañero y tú mismo. ¡Suerte!
