Registro duplicado
 

No creo...pero a alguien se le ocurre que sea un problema reintear enviar un registro 2 o más veces por un error de sistema. O sea algo puntual.
A mi lo único que se me ocurre es que puede provocar que, a veces, lo intente mandar como incidencia si está fuera de hora.

Un registro ya subido si lo reenvías lo va a rechazar por lo que no debería de ser un problema fiscalmente hablando. Otro tema es que, como dices, se envíe como incidencia (que la verdad no he probado a hacerlo) pero en teoría debería de rechazarlo igualmente. Sería cuestión de probar.

Sí. lo rechaza también.
Pienso como tú, no deberia ser un problema.