Si entendi bien, los checkbox los tienes dentro de unos paneles que estan dentro de otro panel. Pues lo que hay que hacer es buscar cada panel y dentro de el los checkbox. Me explico mejor con codigo
Código Delphi
[-]
var
i,j: integer;
begin
for i:= 0 to Panel1.ControlCount - 1 do
if Panel1.Controls[i] is TPanel then
with Panel1.Controls[i] as TPanel do
for j:= 0 to ControlCount - 1 do
if Controls[j] is TCheckbox then
if (Controls[j] as TCheckBox).Checked then
ShowMessage('Marcado')
else
ShowMessage('No marcado');
end;]