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Si puedes cambiar los SQL es un cosa. Si no es otra.
Si no puedes: Mas memoria, mejor disco. Ajustar el servidor a los parametros que te recomienda la tal herramienta o como digan en internet.
Si puedes, entonces te capturas los SQL que sean mas lentos, te traes un backup, miras el plan de consulta, corriges, mejoras hasta que sea optimo.
Y mira como se optimiza el Mysql en la documentacion. Y si estas en una version vieja, subirte a la mas nueva que puedas sin romper la app.
Y miras si hay que mejorar el linux.
Como vez, no hay como presupuestar esto porque NO SE SABE QUE PASA NI CUANTO VA A DEMORAR. Asi, que lo que yo haria, es cobrarles :
1- Por hora, si quieres que sea barato y hacerles el fa
2- Por generador de valor, si es un cliente serio (ie: Cobras no tanto por lo que te demores sino por lo valioso de tu trabajo, en base a la tipica historia del man que conecto un "cablesito" y cobro un millon de dolares)
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