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El problema parece que no es el servidor (hardware y software) sino un mal diseño de la aplicación que lo utiliza. Lo que hay que ver en realidad es que consultas se lanzan y como están construidas así como las estructuras y tipos de las tablas, si utiliza transacciones (InnoDB) etc. Prueba revisando el servidor sin ninguna conexión activa y verás como los valores son normales, salvo que le hayan metido mano sin saber. Una consulta por muy lento que sea el hardware no debe tardar gran cosa a no ser que la aplicación se esté dando vida haciendo "select * " por todos lados aderezado con subquerys innecesarias, etc.
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