Ten en cuenta que normalmente los ordendaores sincronizan su reloj mediante el servicio
NTP (Network Time Protocol).
Esto hace que el reloj de tu ordenador y el de tu servidor sean iguales.
La excepción es cuando estás en diferentes zonas horarias, como cuando tienes un servidor en España y otro en Argentina.
La solución es fácil, solo debes tener en cuenta la diferencia horaria para tus cálculos.
Dicho esto, lo único que deberías tener es una "alarma" en tu aplicación y cuando sean las (00:00:00 + DiferenciaHoraria) lanzar el proceso que necesites.