A modo de información.
Para reparar / compactar / optimizar una BD en MySQL que funcione bajo Windows, conviene crear un fichero BAT, que se ejecute automáticamente de vez en cuando (en momentos en los que sepamos que tenemos poca o nula actividad en el sistema) con las siguientes cuatro líneas:
Código:
mysqlcheck -a BD
mysqlcheck -r BD
mysqlcheck -c BD
mysqlcheck -o BD
Esto lo tengo en un servidor y nunca me ha dado ningún problema de índices ni nada por el estilo, ya que la úlima línea lo que hace es optimizar las tablas, es decir, compactarlas para que ocupen el mínimo de espacio posible en el disco duro.