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Por intentar aportar algo se me ocurre que podrias en caso que al final no encuentres mas solución partir tu aplicación en varios modulos pero en lugar de hacerlos dll hacer propios ejecutables. No es una solución óptima ni mucho menos y ademas no se adapta a todas las situaciones. Pero si algún grupo de ventanas de la aplicación comienzan con una modal que debe de cerrarse antes de continuar con otra cosa bien puede ser un exe aparte (al que quizas deban de pasarsele algunos parámetros ciertamente).
Haciendo esto bien es verdad que es posible que acabes con un grupo de ejecutables que al sumar sus tamaños ocupen mas que tú ejecutable individual. Repito de nuevo que son mejores las otras opciones que están apuntando pero igual te vale la pena valorar lo que propongo.
Pienso también que 90 ventanas son muchas ventanas para una aplicación. ¿Seguro que realmente no tienes varias aplicaciones compiladas como una sola? Por ejemplo si tienes una aplicación desde la que se gestiona a los trabajadores de una empresa con sus nominas clientes, tareas pendientes etc, ademas de alamcenes con mercancía, albaranes facturación.... igual es mejor tener una aplicación de gestión de almacén, otra de facturación, otra de nomina, y otra de control de personal, aunque todas trabajen contra la misma bd.
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