Hola,
Básicamente las instalaciones de InnoSetup guardan una clave en el Registro de Windows que tiene que ver con la directiva "AppId" que podemos usar en el apartado "Setup". Si usas la directiva "UsePreviousAppDir" e InnoSetup detecta que tu aplicación (por su "AppId") ya fue instalada en el sistema... propondrá al usuario como directorio de instalación el directorio donde esté instalada la versión previa de tu aplicación.
Otra cosa es que algo así te sirva o qué.
