[igest2000]

Bueno gracias a todos. Ya he conseguido con vuestras sugerencias resolver el problema y lo hice de la siguiente forma.

La aplicación principal JSGEditor ejecuta mediante createProcess la segunda. Al mismo tiempo genera un archivo en un directorio temporal donde indica que se le indica a JSGImplantador (la que crea el juego), que se trata de una ejecución para luego finalizar. De esa forma como me decíais, he modificado el código añadiendo una condición al finalizar el proceso de creación del juego y se cierra la aplicación. Por su parte en JSGEditor al ejecutar la segunda aplicación añadi un Timer para que cada segundo comprobase si aún existía el fichero temporal, que sería el que marcaría la finalización de la creación del juego mediante JSGImplantador, ya que este al cerrarse además borraría dicho archivo. De esa forma he conseguido que las dos aplicaicones queden sincronizadas.

Quizás sea un poco engorroso pero funciona.