Si hay algo por lo que MySQL es conocido es por ser muy potente, es más, aquí el propio vBulletin trabaja con MySQL y te podrás imaginar la cantidad de datos que se almacena.
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Lo que me gustaría es que brindaras mas datos sobre el problema en cuestión por ejemplo:
¿Que versión de MySQL se usa?
¿Sobre que motor(engine)de MySQL se está trabajando(Isam,MyIsam, InnoDB, BerkeleyDB, ARCHIVE, BlackHole, CSV, Federated, etc)?
¿Cómo se está accediendo al servidor(Via internet,atraves de un tunel o VPN)?,etc,etc.
En fin a veces no es bueno tomar una decisión a la ligera y decir yo lo hago todo de nuevo o cambio ésto o aquello y listo, ya que segun se vé, se estaría perdiendo tiempo, dinero y sobre todo mucho pero mucho esfuerzo.
Dependerá de muchos otros factores que nos puedas brindar como información para quizás poder entre todos ver el problema y buscarle una posible solución si la situación amerita.
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Saludos...