Sí, puedes tener dos versiones de Firebird ejecutándose en el mismo Servidor (solo tienes que configurar el segundo servidor para que se ponga a la escucha en un puerto distinto al 3050.
Yo ahora mismo tengo Firebird 2.0 y Firebird 2.5 ejecutándose a la vez en mi Servidor, sin el menor problema.
Sigue estas indicaciones.
http://www.destructor.de/firebird/multiinstance.htm
Saludos.