Bueno, en principio si como comentas ya tienes todo el desarrollo hecho y funcionando pocos cambios le podrás hacer a la base de datos sin tener que modificar la aplicación.
Si la aplicación que tienes desarrollada funciona de forma correcta con la base de datos no veo el por qué hacerle cambios sin necesidad. Ya sabes, la idea de que lo que funciona no debe tocarse y esas cosas.
Otra cosa es que algo no esté bien orientado y necesites reestructurarlo todo pero eso te haría cambiar base de datos y logicamente la aplicación.
Saludos
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