Lo que ya estaba incorrecto no se modifica al cambiarle el juego de caracteres. Prueba primero que los nuevos datos entran correctamente (eñes y acentos) y si esto funciona puedes hacer algún reemplazo. Por ejemplo, si dices que la ñ quedó como ñ, puedes hacer
Código SQL
[-]
update clientes set nombre = replace(nombre, 'ñ', 'ñ')
Claro que es un poco tedioso, pues tienes que hacerlo tabla por tabla, para cada campo y cada caracter incorrecto, pero en principio sí se pueden restaurar los datos.
// Saludos