[[duilioisola]]

Asegúrate de que los índices son los que necesitas.
Esto es en base al SQL que ejecutas, aunque creo que quizás falten más cosas.

• No utilizas TIPODOC en el WHERE
• TIPODOC debería estar también en el detalle si es parte de la PK de FACTURAS

Código SQL [-]
CREATE TABLE FACTURAS (
    NUMERO    INTEGER NOT NULL,
    RUT       VARCHAR(15) NOT NULL,
    TIPODOC   VARCHAR(15),
    ESTADO    INTEGER,
    FECHAEMI  DATE,
    FECPAGO   DATE,
    TOTAL     DOUBLE PRECISION,
    PAGADO    SMALLINT,
    SALDO     DOUBLE PRECISION
    /*
    ...
    */
);

ALTER TABLE FACTURAS ADD CONSTRAINT PK_FACTURAS PRIMARY KEY (NUMERO, RUT);

/* Para la parte WHERE FACTURAS.ESTADO <> :ESTADO */
CREATE INDEX FACTURAS_IDX1 ON FACTURAS (ESTADO);

CREATE TABLE DETFACT (
    NUMERO    INTEGER NOT NULL,
    RUT       VARCHAR(15) NOT NULL,
    LINEA     INTEGER NOT NULL,
    CODIGO    VARCHAR(15),
    DESCRIP   VARCHAR(60),
    CANTIDAD  INTEGER
    /*
    ...
    */
);

ALTER TABLE DETFACT ADD CONSTRAINT PK_DETFACT PRIMARY KEY (NUMERO, RUT, LINEA);

/* Puede ser una Foreign Key o un índice */
/* Para el join: ON DETFACT.RUT = FACTURAS.RUT AND DETFACT.NUMERO = FACTURAS.NUMERO */
ALTER TABLE DETFACT ADD CONSTRAINT FK_DETFACT_1 FOREIGN KEY (NUMERO, RUT) REFERENCES FACTURAS (NUMERO, RUT);


CREATE TABLE CLIENTES (
    CODIGO  VARCHAR(15) NOT NULL,
    NOMBRE  VARCHAR(60)
    /*
    ...
    */
);

/* Para el join: ON CLIENTES.CODIGO = FACTURAS.RUT */
ALTER TABLE CLIENTES ADD CONSTRAINT PK_CLIENTES PRIMARY KEY (CODIGO);

Código SQL [-]
SELECT FACTURAS.TIPODOC, FACTURAS.RUT, FACTURAS.NUMERO, FACTURAS.ESTADO, FACTURAS.FECHAEMI, FACTURAS.FECPAGO,
       FACTURAS.TOTAL, FACTURAS.PAGADO, FACTURAS.SALDO, DETFACT.CODIGO, DETFACT.DESCRIP, DETFACT.CANTIDAD,
       CLIENTES.NOMBRE
FROM FACTURAS
LEFT JOIN CLIENTES ON CLIENTES.CODIGO = FACTURAS.RUT
LEFT JOIN DETFACT ON DETFACT.RUT = FACTURAS.RUT AND DETFACT.NUMERO = FACTURAS.NUMERO
WHERE
FACTURAS.ESTADO <> :ESTADO
ORDER BY FACTURAS.FECHAEMI

Si presentas la estructura completa de estas tres tablas quizás podamos ayudarte un poco más.