Sinceramente me sorprende tu seguridad en descartar que no son problemas de red. El problema de red puede no estar en el mismo servidor empotrado (aunque por lo que te he leído, aún no veo porqué ese módulo no puede tener su NIC defectuoso), sino en el cableado, en el switch del chasis, en el lado de los clientes que se conectan a esa aplicación, etc. ...
Por cierto, ¿ has hecho un Backup-Restore para trabajar con una base de datos limpia ? (yo es lo primero que hago siempre que encuentro algún comportamiento anómalo en una base de datos).
No te sé decir mucho más de lo que ya ha aportado Casimiro. Recuerda que en el mensaje de error que te ha traído, se dice que puedes contratar sus servicios para solucionarlo. Así que si nadie más te sabe ayudar y no encuentras otra solución, puedes contratar que lo solventen IBPhoenix (la empresa de servicios detrás de Firebird).
http://www.ibphoenix.com/services
NOTA: asegúrate también de tener actualizado tu servidor Firebird a la última revisión disponible de la versión que utilizáis.
Saludos.