Depende de las habilidades del CMS es posible.
Si se hace con codigo, usando django es muy facil. Mis sitios
www.elmalabarista.com &
www.bestsellerapp.com estan en un mismo hosting, comparten codigo & bd, archivos & sin embargo, se separan contenidos al gusto.
Esto se hace usando
http://docs.djangoproject.com/en/1.1...-contrib-sites. Es un proyecto open source en python, es MUY bueno y es ideal para desarrolladores.
Ahora, desconozco en otras plataformas como sera. Una razon para en usar django es que no es un CMS predeterminado, sino bloques que uno puede ajustar a las necesidades.