la primera la ejecuta rápido porque estas filtrando los registros. La segunda forma no filtras nada, traes absolutamente todos los registros de las tres tablas y por eso te marca ese error y por eso se tarda tanto.
Tienes que filtrar los registros, intenta con:
Código SQL
[-]
Select Ctas.Codigo, Ctas.Descripcion,
Sum(Case when Tr.Periodo is null then 0 else Tr.Valor_Resid end)
From Cuentas Ctas
join Aft on Ctas.Codigo = AFT.Cuenta
left outer join Transac TC on Tr.Periodo = '07-02'
Group By Ctas.Codigo, Ctas.Descripcion
aunque creo que haría falta agregar más campos en el group by. Pero no tengo firebird para probarlo