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me parece que la solucion que le quieres dar por FTP es incorrecta, el tema pasaria por sincronizacion de bases de datos distribuidas. En ese contexto es sumamente importante el motor de base de datos con el que estes trabajando y las herramientas de sincronizacion que esten disponibles.
Otra opcion es simplemente una VPN entre las 2 oficinas, que la BD este alojada fisicamente en una y desde la otra accedan con escritorio remoto o algo por el estilo.
Saludos...
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