Yo he optado por firmar los ejecutables con el certificado de la FNMT.
Lo cierto es que Internet Explorer da la lata y avisa de forma escandalosa a los usuarios. Si no estuviese firmado no les diría gran cosa pero por ir firmado por una autoridad de certificación no reconocida los asusta.
En Windows el aviso depende de que esté configurado el certificado de la autoridad (FNMT) correctamente.
Para explicarlo mejor casi he preferido hacer una entrada en mi web. Así ves los pantallazos que he puesto y lo reutilizo con los clientes:
https://criterium.es/article/errores...rtificado-fnmt
Evidentemente este sistema me vale porque solo vendo en España y mayormente a gente que toca temas fiscales. En software como el tuyo lo mismo se queda corto.