Creo recordar, pero no estoy seguro, que en dichas versiones de Windows, si el explorer detecta que hay otro shell configurado entonces inicia sólo como eso, como explorador y no cmo shell. Prueba lo siguiente:
Justo antes de "winexequear" explorer.exe cambia la línea del sistem.ini para que vuelva a decir shell=explorer.exe y de esta forma indicarle que debe iniciar como shell. Al terminar la sesión tendrías que poner nuevamente tu aplicación cmo shell.
// Saludos
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