Veamos
Para lo primero se suele tener una copia de las bases siempre limpia, que es la que se da al cliente. No obstante se que es factible lo que pides pero no se cómo
Para lo segundo, los pedidos, albaranes, facturas, ..... NO deben de borrarse nunca, como mucho anularlos (otro igual en signo contrario) pero nunca borrarse
De todas manera, a mi los autoinc no me gustan, prefiero tener una tabla de contadores y asignar yo el número que toca. Son maneras de trabajar distintas, ni mejor ni peor, es una alternativa con la que no tendrías estos problemas