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Yo creo que el problema se deberá, sobre todo, a alguna configuración de software. Quizás no tengas instalados los mismos drivers en las dos computadoras. Si quieres salir completamente de dudas, prueba a intercambiar los discos duros entre las dos computadoras, ya que tienen el mismo hardware. Así verás si tiene que ver o no con la configuración del software.
De todas maneras, una fuente de alimentación sí puede influir en la velocidad del equipo, pero no por su potencia, sino por su calidad. Puede ser que la fuente de 300W sea de menor calidad que la de 400W. Todas las fuentes tienen una tolerancia con respecto a los voltajes de salida, cuanto menor sea la tolerancia mejor será la fuente. Por ejemplo, la fuente de 300W puede mandar por la salida de 5V una salida real de 4.8V, esto influirá en el comportamiento del resto del hardware. También pueden ser más sensibles al ruido eléctrico, o crear más ruido eléctrico unas u otras.
Pero bueno, lo más probable es que el problema sea alguno de los que te dijeron antes (defragmentación, software, polvo, etc.), y que el problema de la fuente sea mínimo.
Si quieres comprobar los voltajes de la fuente, normalmente las placas base suelen traer software para que puedas ver los voltajes.
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