[Nuria]

He encontrado una solución, no me gusta mucho pero de esta manera ya no me desaparece el check cuando marco dos veces sobre la casilla.

procedure RxDBGrid1CellClick(Column: TColumn);
begin
     if RxDBGrid1.SelectedIndex = 3 then begin // Donde tengo el check
          RxDBGrid1.DataSource.DataSet.FieldByName('SEL').AsBoolean :=
          not RxDBGrid1.DataSource.DataSet.FieldByName('SEL').AsBoolean;
         RxDBGrid1.SelectedIndex := 1; // Paso el foco a otra celda.
     end;
end;

Sigo buscando otra solución mejor.

Saludos!