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Formas de hacerlo, hay montones:
Una forma puede ser trabajar con algo parecido al CRC del propio EXE, esto complicaría además que crackeen el EXE (si suprimen la rutina no servirá de mucho).
Como lo harías esto, compilarías tu EXE y con otro EXE externo calcularías el número, luego lo encriptarías en números y letras.
Cuando inicie por primera vez el EXE, le pides al usuario el número de serie, lo comparas contra el mismo proceso pero dentro del EXE, si es válido guardas este número un el registro o en donde te convenga.

Para aplicaciones que se que van a tener poca distribución, hago algo parecido pero incluyendo el la operatoria el serial del disco duro. Lo que hacen los usuarios, cuando instalan la aplicación, me envían un número que le genera el programa a partir del serial del HD, yo con este número le creo un segundo número y se los envío, sabiendo que este número solo funcionara en este equipo, el usuario ingresa este número y el programa queda registrado.

Saludos!