no entendí que es lo que realmente quieres y tampoco entendí como están tus tablas.
Lo que yo te recomendaría, sería tener una tabla para los tipos de IVA y en tu registro maestro pones ese IVA. Es decir:
Código:
Tabla TipoIVA
IVA Valor
---------------
1 0.0
2 0.10
3 0.15
Tabla Maestro
Factura IVA
-------------------
0001 2
0002 1
0003 3
0004 3
Y en base a ese IVA haces todos los cálculos. Vamos, que es parte de la normalización de una base de datos.