Estas pensando al estilo Access. MySQL es un servidor de base de datos por lo que no es necesario que esté instalado en todas las pcs que vayan a conectarse a la BD. Es decir, primero instalas el servidor con sus tablas y todo. Y luego en tu programa únicamente basta indicar la direccion TCP/IP del servidor y se podrá conectar inclusive aunque el servidor no se encuentre en la misma red. La base de datos es un "ente abstracto" pues lo que ve tu programa (tablas, indices, etc.) en realidad pueden ser uno o varios archivos corriendo en el servidor, el software del servidor es el que se encarga de hacer la "traducción" digamos. NO es recomendable tratar de meterse con los archivos físicos que maneja el motor pues puedes echar a perder todo con una sola acción.
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