Si te entendi bien
:
Para ejecutar un programa al arrancar windows-->
pulsame aqui.
Para minimizar tu aplicacion en la bandeja del Sistema-->
pulsame aqui.
Recomendacion: Solo debes hacer la combinacion de ambas cosas y obtendras el resultado deseado.
Saludos...
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"Pedid, y se os dará; buscad, y hallaréis; llamad, y se os abrirá." Mt.7:7