¿No se complican demasiado?
En el registro de Windows, donde especifican que se inicie la aplicación al comenzar la sesión en lugar de simplemente poner
miaplicacion.exe
ponen
miaplicacion.exe win
Cuando la aplicación inicie, leerá el primer parámetro: ParamStr(1). Si es = 'win' sabrá que se ejecuta al iniciar Windows y correrá minimizado en la bandeja. De cualquier ora manera que inicien la aplicacíon, mientras no especifiquen este parámetro, la aplicación iniciará normal.
// Saludos
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