[dec]

Hola,

No sé cómo lo harás tú. Cuando he hecho algún programa que tuviera la posibilidad de iniciarse con Windows una de las opciones de dicho programa era, precisamente, esa, esto es, le daba al usuario la posibilidad de elegir si iniciar el programa junto con Windows o no hacerlo.

Quiero decir que, al cerrar el programa (o cuando quiera que compruebes las opciones del mismo, y, claro está, siempre que incluya la que te comento) compruebas la elección del usuario al respecto y entonces la cosa está clara: escribes/sobreescribes la clave/el valor correspondiente del Registro de Windows según el caso.

De no ser así, puesto que dices que el programa tiene una opción para que el usuario decida si quiere comenzar con el programa "minimizado" o no, podrías aprovechar el momento de guardar dicha opción para lo mismo que digo más arriba: escribir/sobreescribir la clave/el valor del Registro de Windows según sea menester.