[dec]

Hola,

A mí se me ocurre lo siguiente a bote pronto. Como para que se abra el programa cuando se inicia Windows puedes/debes preparar una clave en el "Registro" con la ruta de dicho programa, a dicha ruta podrías añadirle un parámetro, más o menos de este modo:

"C:\Archivos de programa\Tu programa\programa.exe -tray"

Comprobarías si el parámetro en cuestión existe. ¿Que existe? Pues inicias el programa sin mostrar el formulario principal, o, en fin, lo minimizas en la "Bandeja del sistema". ¿Que no existe? Pues nada, inicias el programa mostrándolo "normalmente" y santas pascuas y aquí paz y después gloria.