facil, ya tienes un objeto q dices q es para evitar multiples instancias, y si no entiendo mal, los archivos q tiens q abrir vienen registrados en el registro de windows, puedes hacerlo de cargando un fichero a la ves, calculandolo de su tamaño y con una splash screen dinamica para q el usuario sepa q se esta cargando la aplicacion, le podrias pasar el nombre del archivo q se esta abriendo., y para saber si tu aplicacion ya cargo totalmente, al ejecutarse el parametro run, y se muestra la primera ventana q tengas asignada aosea la forma principal de la aplicacion, ya esta lista, jejejeje,
, pero una manera decente si los vas a cargar desde la linea de parametros usa primero las splash screen para q el usuario sepa q esta trabajando, y si lo va a hacer con la aplicacion abierta crea un form de tiempo de espera, hago haci como cuando copeas un archivo en windows, ademas haci como lo menciona el compañero nuño, las funciones (ParamCount y ParamStr), sirven para pasarle multiples archivos a una aplicacion.