mmmm si no lo he entendido mal creo que lo que la solución es llamar a una función definida en el opener, es decir, en lugar de modificar desde el popup los controles de la ventana opener lo que deberias hacer es llamar a una función "callback" pasando, por ejemplo, los valores de ese popup.
te recomiendo esta lectura:
http://www.desarrolloweb.com/articul....php?manual=40 , concretamente al capítulo "
Cómo tener acceso a variables y funciones que estén en otra ventana." (
http://www.desarrolloweb.com/articul....php?manual=40)
donde te explican que desde el popup se puede hacer "window.opener.inicializaCampos()"