Conseguido con esto, aunque es necesario ejecutar como administrador.
Código Delphi
[-]
var
Reg: TRegistry;
begin
Reg := TRegistry.Create;
try
Reg.RootKey := HKEY_LOCAL_MACHINE;
Reg.Access := KEY_ALL_ACCESS or KEY_WOW64_64KEY;
if Reg.OpenKey('Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run', False) then
Reg.WriteString('Myapp', 'c:\myapp.exe');
finally
Reg.Free;
end;