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No tiene que ver realmente con el servidor ya que MySQL mantiene las conexiones "abiertas" hasta que no se le diga lo contrario o bien pase un cierto tiempo. De hecho el servidor solo sabe que un cliente se desconecta cuando se le envía el mensaje correspondiente, mientras tanto da por hecho que el cliente sigue ahí. Lo que te sucede es un síntoma de problemas de conexión físicos ya sea tu línea de internet, cableado, router, etc. Tu programa está bien por lo que no hay que tocar código, solamente revisar los puntos ya mencionados.
Una solución chapucera es verificar la conexión antes de entrar a un proceso y en caso de que se haya perdido (te saldrá la excepción que mencionas) cerrarla y volver a establecerla.
Yo tengo un sistema de facturas conectado a un servidor MySQL desde diferentes sucursales y siempre que se me ha preentado ese error ha sido por falla de la conexión a internet.
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