Hola,
Efectivamente estaba volviendo a llamar la ruta, mi solución fué poner el certificado (.cer) en la ruta de Java/jre/lib/security
Al archivo .bat le cambié el nombre y ejecuté en Inno.
Código Delphi
[-][Run]
Filename: "\certificado.bat"; Flags: nowait
Y listo eso fué, muchas gracias.