dos opciones:
la primera como usuario es decir cuando el usuario entre a su cuenta con su password y todo eso, en ese caso escribes una entrada tipo cadena en el registro con el nombre de la aplicación y sus parámetros, en cualquiera de las siguientes entradas:
(para todos los usuarios)
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
o sino
(solo el usuario actual)
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
la otra opción que es más interesante es como servicio, es decir que ni bien iniciado windows se ejecute la aplicación, existen ciertos pasos que hay que hacer en el registro, en el siguiente enlace dan información de como hacer por ejemplo correr el emule como servicio.
http://www.laneros.com/archive/index.php/t-49666.html
saludos