Innosetup es un programa que permite realizar el asistente de instalación (las típicas ventanas "El asistente le ayudará en la instalación del programa tal y cual".....Siguiente, Siguiente, Finalizar.
Agrega las entradas necesarias para que el programa se pueda desinstalar via Panel de Control de Windows, crea los accesos directos donde les digas (escritorio, menú inicio, menú Inicio -> Inicio, etc).
Lo mejor de todo, es que puedes personalizar totalmente las ventanas del asistente que se mostrará al usuario final.
El resultado es un único archivo llamado Setup.exe, vamos, el típico instalador.
El mejor punto por donde empezar... pues su página web
http://innosetup.com/isinfo.php y no olvides el apartado "Third Party Files" que viene lo comentado en mensajes anteriores.
Saludos