Aunque no es exactamente lo que preguntas.
Puedes intentar utilizar SQL Server CE de Microsoft, es gratuita, aunque te obliga a tener una licencia de SQL Server, pero la licencia de desarrollo es muy barata y luego en los clientes Windows CE si que es gratuita.
Mas información en
http://www.microsoft.com/sql/CE/default.asp
Hasta donde yo se de este tema, las únicas posibilidades de utilizar bases de datos con Windows CE son o Access o SQL Server. Si no es asi que alguien me corrija por favor.