Un servicio se ejecuta como SYSTEM por lo que las aplicaciones que lance serán también SYSTEM y las abre en en una estación de ventana y escritorio diferentes a los del usuario activo con lo que la comunicación con el mismo queda desactivada. Esto es especialmente cierto desde Win7. Para solventar el problema debes conseguir que el servicio ejecute la app en la cuenta se sesión activa con esas credenciales o comunicarte con él de otra forma. por ejemplo con sockets.
En este enlace encontraras como
ejecutar una aplicación GUI desde un servicio.
Saludos.