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es exactamente así
Que una aplicación en particular como las que mencionas no te permitan hacerlo es muy distinto de afirmar que en general con MySql no puedes conectarte como root.
Te recomiendo que te leas el capítulo del manual que trata de los usuarios y el sistema de privilegios. Como te mencioné antes, root no tiene nada de especial. De hecho yo normalmente borro a root y pongo un usuario con mi nombre y con todos los derechos.
// Saludos
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